Apparu avec force au lendemain de la seconde guerre mondiale le mouvement autonome déclare immédiatement son indépendance à l'égard des deux blocs qui s'affrontent alors dans le cadre de la guerre froide (États-Unis d'Amérique et URSS). Les autonomes s'organisent rapidement dans la fonction publique avec, notamment, la fondation en 1946 de la Fédération des Syndicats des Agents Communaux.
Afin de coordonner et d'améliorer l'efficacité des organisations syndicales qui s'inscrivent dans cette mouvance et qui recueillent l'adhésion d'un nombre toujours plus important de salariés, l'UNSA (Union Nationale des Syndicats Autonomes) est créée en février 1993 par cinq organisations : la Fédération autonome des transports (FAT), la Fédération de l'éducation nationale (FEN), la Fédération générale autonome des fonctionnaires (FGAF), la Fédération générale des syndicats de salariés des organisations professionnelles de l'agriculture (FGSOA) et la Fédération des syndicats d'ingénieurs, cadres, techniciens et agents de maîtrise des chemins de fer (FMC). Deux autres syndicats rejoindront rapidement l'UNSA : le Syndicat indépendant des artistes interprètes (SIA) et le Syndicat des réalisateurs et créateurs du cinéma, de la télévision et de l'audiovisuel (SRCTA).
L'UNSA se définit dès l'origine autour d'un certain nombre de valeurs : laïcité, respect des droits de l'homme, défense de la démocratie politique et sociale. Son secrétaire général est Laurent Escure depuis le 4 avril 2019. Il est le 4e Secrétaire Général depuis la création de l'UNSA, après Martine Le Gal (1993-1994), Alain Olive (1994-2011) et Luc Bérille (2011-2019).
Aujourd'hui, l'UNSA est organisée autour de 8 pôles regroupant les organisations adhérentes par grands secteurs d'activité professionnelle : 7 pôles concernent le secteur privé (agriculture, finance, commerce, communication, industrie, transports, services) et le 8e pôle la fonction publique. Ce 8e pôle, intitulé UNSA Fonction publique, est composé de 23 fédérations. L'UNSA compte actuellement plus de 200 000 adhérents. En 2001, l'Union Locale UNSA-Administrations Parisiennes a été créée afin de faciliter la coordination et l’information des syndicats des fonctionnaires des différentes administrations parisiennes ou établissements publics parisiens. Cette structure regroupe les syndicats affiliés à l'UNSA : le Syndicat UNSA des attachés d'administrations parisiennes et de l’encadrement supérieur, le Syndicat autonome des personnels de la Ville et du Département de Paris, l'UNSA – le Syndicat autonome du Centre d'action sociale de la Ville de Paris, le Syndicat des professeurs de la Ville de Paris SNADEM - UNSA, et le Syndicat national des enseignants et artistes SNEA. Les secrétaires généraux de l'Union Locale UNSA-Administrations Parisiennes ont été Patrick Paquigon (de 2002 à 2005), Thierry Delgrandi. (2005 à 2018). La fonction est actuellement exercée par Olivier Hoch, ancien secrétaire général du SNADEM.
Tous les syndicats affiliés à l'UNSA bénéficient d'une totale liberté d'action. Ils ne reçoivent aucune instruction d'une quelconque structure centrale et n'ont de comptes à rendre qu'à leurs mandants, dont ils s'efforcent d'exprimer le plus fidèlement possible les aspirations. Faire partie de l'UNSA, c'est vraiment être libres ensemble.
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